氣相色譜-質譜聯用儀GC-MS主要由三部分組成：色譜部分、質譜部分和數據處理系統.色譜部分和一般的色譜儀基本相同,包括有柱箱、汽化室和載氣系統,也帶有分流/不分流進樣系統,程序升溫系統、壓力、流量自動控制系統等,利用質譜儀作為色譜的檢測器.
    色譜儀是在常壓下工作,而質譜儀需要高真空,因此,色譜儀使用填充柱時,必須經過分子分離器這種接口裝置,將色譜載氣去除,zui后使樣品氣進入質譜儀.若色譜儀使用的是毛細管柱,由于毛細管載氣流量比填充柱小得多,不會破壞質譜儀真空,則可以將毛細管直接插入質譜儀離子源.　　
　　GC-MS的質譜儀部分可以是磁式質譜儀、四極質譜儀,也可以是飛行時間質譜儀和離子阱.目前使用zui多的是四極質譜儀.離子源主要是EI源和CI源.
　　GC-MS的另外一個組成部分是計算機系統.隨著計算機技術的提高,GC-MS的主要操作全部由計算機控制進行.這些操作包括利用標準樣品（一般用FC-43）校準質譜儀,設置色譜和質譜的工作條件,數據的收集和處理以及庫檢索等.一個混合物樣品進入色譜儀后,在合適的色譜條件下,被分離成單一組成并逐一進入質譜儀,經離子源電離得到具有樣品信息的離子,再經分析器、檢測器即得每個化合物的質譜.這些信息都由計算機儲存,根據需要,可以得到混合物的色譜圖、單一組分的質譜圖和質譜的檢索結果等.根據色譜圖還可以進行定量分析.因此,GC-MS是有機物定性、定量分析的有力工具.
    作為GC-MS聯用儀還可以有直接進樣桿和FAB源等作為附件.但是FAB源只能用于磁式雙聚焦質譜儀.直接進樣桿主要是分析高沸點的純樣品,不經過GC進樣,而是直接送到離子源,加熱汽化后,由EI電離.另外,GC-MS的數據系統可以有幾套數據庫,主要有NIST庫,Willey庫,農藥庫等.
    氣相色譜-質譜聯用儀有靈敏性強、準確性高、自動化等特點,廣泛應用于食品、藥品、環境監測等領域,與我們的日常生活和科學研究活動密不可分.

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